KeePass, güvenlik, kararlılık ve veri egemenliğine olan bağlılığıyla teknoloji dünyasında uzun süredir altın standart olarak kabul edilmektedir. Ancak, 2007'den bu yana KDBX dosya formatının temelini oluşturan XML formatı, modern güvenlik ve kolaylık özelliklerinin benimsenmesinde geliştiriciler ve kullanıcılar için sürekli bir sorun kaynağı haline gelmiştir. KDBX 4.1 dosyaları, şifrelenmiş ve sıkıştırılmış XML dosyaları olup, parola yöneticilerinden beklenen tipik alanları içerir. Önemli bir sorun, KDBX dosyasında yapılan en küçük bir düzenlemede bile tüm dosyanın yeniden yazılması ve belleğe yüklenmesidir.
Bu formatın birincil sorunu, yeni özelliklerin XML ağacına doğrudan eklenmesinin, eski veya henüz güncellemeyi benimsememiş üçüncü taraf istemciler için uyumsuzluklara yol açmasıdır. Bu durum, TOTP (Zamana Dayalı Tek Kullanımlık Parola) ve Passkey gibi yeni standartların uygulanmasında önemli sorunlara neden olmuştur. Örneğin, TOTP desteği ilk olarak üçüncü taraf eklentiler tarafından "custom attributes" kullanılarak uygulandı, ancak farklı eklentiler farklı alan adları kullandığı için uyumsuzluklar ortaya çıktı. KeePassXC ve KeePass Proper'ın farklı TOTP formatlarını benimsemesiyle bu uyumsuzluklar daha da arttı.
Passkey desteği de benzer şekilde, karmaşık verilerin birincil bir özellik olarak ele alınmak yerine "custom attributes" içine sıkıştırıldığı bir başka örnektir. Bu durum, kullanıcı arayüzünde dağınıklığa yol açmakta ve önemli girişleri seçmeyi zorlaştırmaktadır. Bu tür sorunlar, KDBX formatının esnek olmayan yapısının, modern güvenlik ve kullanım kolaylığı özelliklerinin entegrasyonunu nasıl engellediğini açıkça göstermektedir.
KeePass'ın mevcut KDBX formatının esnek olmayan yapısı, modern güvenlik ve kullanım kolaylığı özelliklerinin entegrasyonunu zorlaştırarak geliştiriciler ve kullanıcılar için uyumluluk sorunlarına yol açmaktadır.