FreeCAD'deki "topolojik isimlendirme sorunu", bir modelleme işlemi (kalınlaştırma, kesme, birleştirme vb.) sonrası bir şeklin dahili adının değişmesiyle ortaya çıkar. Bu durum, o şekle bağımlı diğer parametrik özelliklerin bozulmasına veya yanlış hesaplanmasına yol açar. Özellikle PartDesign Çalışma Tezgahı ile katı modeller oluşturulurken ve TechDraw Çalışma Tezgahı ile boyutlandırma yapılırken belirginleşir. Örneğin, PartDesign'da bir özellik bir yüzeye bağlıysa, temel katı modelin boyutu veya yönü değiştiğinde, yüzeyin dahili olarak yeniden adlandırılması nedeniyle özellik bozulabilir. TechDraw'da ise, 3D model değiştirildiğinde köşelerin yeniden adlandırılması, ölçülen kenarı değiştireceği için boyutlandırma hatalarına yol açabilir.
Bu karmaşık sorun, FreeCAD'in dahili rutinlerinin OCCT çekirdeği ile oluşturulan geometrik şekillerin güncellemelerini işleme biçiminden kaynaklanır. Sadece FreeCAD'e özgü olmayıp, genel CAD yazılımlarında da görülür; ancak diğer yazılımlar genellikle sezgisel yöntemlerle (heuristics) kullanıcı üzerindeki etkiyi azaltır. FreeCAD 0.19'dan itibaren, bu sorunların etkisini azaltan sezgisel yöntemler ekleyerek çekirdek şekil işleyişini iyileştirmek için çalışmalar sürmektedir. FreeCAD 1.0 ile gelen yeni isimlendirme algoritması, manuel çabayı azaltmayı, sorunları otomatik düzeltmeyi veya en azından nedenini açıkça göstermeyi hedefler. Gelecek sürümlerde bu algoritma daha fazla FreeCAD bölümüne yayılacak ve otomatik onarım yetenekleri artırılacaktır.
Yeni FreeCAD kullanıcıları bu sorunla sıkça karşılaşır. PartDesign'da, datum nesneleri (düzlemler, yerel koordinat sistemleri) kullanarak topolojik hatalara karşı daha dirençli modeller oluşturmak en iyi uygulamadır. TechDraw'da ise, boyutlandırmaların yalnızca 3D model tamamlandığında ve artık değiştirilmeyeceğinde eklenmesi önerilir. Bu yaklaşımlar, modelleme sürecindeki olası kırılmaları en aza indirmeye yardımcı olur.
CAD yazılımlarındaki temel bir zorluk olan topolojik isimlendirme sorunu, FreeCAD'in yeni sürümlerinde geliştirilen akıllı algoritmalarla kullanıcı deneyimini iyileştirmeyi hedefliyor.