Bilimin doğayı açıklama gücü arttıkça, dinin bilinmeyeni açıklama ihtiyacının azaldığı yönündeki yaygın görüş, Richard Dawkins gibi ateist düşünürler tarafından "boşlukların Tanrısı" argümanıyla dile getirilmektedir. Bu görüşe göre, bilim ilerledikçe Tanrı'nın açıklayacak bir şeyi kalmayacak ve varlığı gereksiz hale gelecektir. Ancak Harvard Üniversitesi'nden astronomi profesörü Karin Öberg, yetişkinlikte agnostiklikten Katolikliğe geçiş yapmış bir bilim insanı olarak, günümüz evreninin 100 yıl öncesine göre bir yaratıcıya çok daha fazla işaret ettiğini belirtmektedir. Öberg, evrenin düzeni, yaratıcılığı ve güzelliğinin sadece yaratıcı bir güce değil, aynı zamanda yaratıcı bir zihne ve sevgiye işaret ettiğini savunmaktadır.
Evrenin kökeni konusunda da benzer bir tartışma yaşanmıştır. Seküler bilim insanları, Stephen Hawking'in de belirttiği gibi, zamanın bir başlangıcı olduğu fikrini genellikle ilahi müdahaleyi çağrıştırdığı için benimsememişlerdir. Nature dergisinin eski editörü John Maddox, Big Bang teorisini "felsefi olarak kabul edilemez" bulmuş ve dini inançlara "bolca gerekçe" sunduğunu iddia etmiştir. 1948'de Big Bang'e alternatif olarak ortaya atılan steady-state teorisi, evrenin başlangıcı veya sonu olmadığını savunarak bu tür dini çağrışımlardan kaçınmayı amaçlamıştır. Fizikçi Steven Weinberg, steady-state teorisini "felsefi olarak en çekici" bulmuştur çünkü Genesis'teki yaratılış anlatısına en az benzeyen teoriydi. Ancak, modern fizik ve kozmoloji, evrenin bir başlangıcı olduğu fikrini giderek daha fazla desteklemekte ve bu durum, Yahudi ve Hristiyan inançlarının "başlangıçta" ifadesiyle şaşırtıcı bir uyum sergilemektedir.
Modern kozmoloji ve astrokimsya alanındaki bilimsel bulgular, evrenin kökeni ve yapısı hakkında geleneksel dini inançlarla şaşırtıcı paralellikler sunarak, Tanrı'nın varlığına dair yeni bir tartışma zemini oluşturuyor.