Fossil ve Git, her ikisi de dağıtılmış versiyon kontrol sistemleri (DVCS) olup, birçok ortak özelliğe sahiptir. Dosya versiyonlama, dallanma, birleştirme, yama uygulama gibi temel işlevleri sunarlar ve yerel depolama klonları ile çalışırlar. Her iki sistem de içerik eklemeye, uzak depoya itmeye ve uzak depodan çekmeye olanak tanır. Hatta Fossil, Git ile çift yönlü dönüştürme özelliklerine sahip olduğundan, kullanıcıların birinden diğerine geçiş yapması kolaydır. Ancak bu benzerliklere rağmen, bu makale iki sistem arasındaki önemli farklılıklara, özellikle de kullanıcı deneyimini etkileyen noktalara odaklanmaktadır. Makale Fossil web sitesinde yayınlandığı için, Fossil lehine bir önyargı olabileceği belirtilmektedir.
Git yalnızca dosya versiyonlama hizmetleri sunarken, Fossil entegre bir wiki, biletleme ve hata takibi, gömülü dokümantasyon, teknik notlar, bir web forumu ve sohbet hizmeti gibi ek özellikler sunar. Tüm bu ek yetenekler, tek bir iyi tasarlanmış web kullanıcı arayüzü içinde, rol tabanlı erişim kontrol sistemi (RBAC) ile korunarak sunulur. Bu, Fossil'ı adeta "kutuda GitHub" benzeri bir çözüm haline getirir. Git'te bu tür özellikler üçüncü taraf eklentilerle sağlanabilirken, Fossil'da tasarıma entegre edilmiştir. Ayrıca, Git birçok küçük programın birleşimi iken, Fossil tek, bağımsız bir çalıştırılabilir dosyadır ve dünyanın en çok kullanılan SQL veritabanını (SQLite) kullanır.
Diğer önemli farklar arasında, Git'in POSIX sistemlerinde yerel olarak çalışması ve Linux çekirdeği geliştirme için tasarlanmış olması, Fossil'ın ise hem POSIX hem de Windows'ta yerel olarak çalışması ve SQLite geliştirme için tasarlanmış olması yer alır. Geliştirme stilleri de farklıdır; Git Bazaar tarzı, Fossil ise Katedral tarzı bir yaklaşım benimser. Git bireysel dallara odaklanırken, Fossil değişikliklerin tüm ağacına odaklanır. Son olarak, Git'te depo başına tek bir check-out varken, Fossil'da birden fazla check-out yapılabilir. Bu farklılıklar, bir projenin ihtiyaçlarına göre hangi sistemin daha uygun olacağını belirlemede kritik rol oynar.
Fossil'ın entegre proje yönetimi özellikleri sunarken, Git'in sadece dosya versiyonlamaya odaklanması, geliştiricilerin araç seçimi ve iş akışları üzerinde önemli bir etkiye sahiptir.