Dijital beşeri bilimler ve işaretleme dillerinde "çakışan işaretleme" (overlapping markup), bir belgenin hiyerarşik olmayan bir şekilde etkileşen iki veya daha fazla yapıya sahip olması durumunda ortaya çıkar. Bu tür belgeler, geleneksel ağaç yapısı olarak temsil edilemezler ve "eşzamanlı işaretleme" olarak da bilinirler. Örneğin, bir şiirde ölçü ve dizelerin oluşturduğu bir metrik yapı, cümleler ve alıntıların oluşturduğu dilbilimsel bir yapı ve ciltler, sayfalar veya editoryal notların oluşturduğu fiziksel bir yapı aynı anda bulunabilir ve bu yapılar birbirini kesebilir. Bu durum, metinlerin karmaşık doğasını dijital ortamda doğru bir şekilde ifade etme ihtiyacından doğmuştur.
Bu sorun, 1988'den beri fark edilmiş olup, başlangıçta sadece teknik bir mesele olarak görülse de, aslında çözümü oldukça zorlayıcı olmuştur. 2008'de Jeni Tennison, çakışan işaretlemeyi "işaretleme teknolojistleri için kalan ana sorun alanı" olarak tanımlamıştır. Özellikle dijital teoloji metinlerinin incelenmesinde hala önemli bir sorun teşkil etmekte ve bu alanın, dijital beşeri bilimlerin geri kalanında yaygın olan Text Encoding Initiative (TEI) tabanlı formatlar yerine Open Scripture Information Standard (OSIS) ve Theological Markup Language (TML) gibi özel işaretleme formatlarını korumasının ana nedenlerinden biridir.
Çakışan işaretleme şemaları, bitişik (contiguous) ve bitişik olmayan (non-contiguous) çakışmaları destekleyip desteklemediklerine göre ayrılır. Bitişik çakışmalar genellikle işaretleyicilerle doğrusal bir belge olarak temsil edilebilirken, bitişik olmayan çakışmalar belgenin parçalanmasını gerektirebilir. Ayrıca, aynı türden öğelerin birbiriyle çakışıp çakışmadığı (self-overlap) da bir başka ayrımdır. Schmidt (2012), çakışma örneklerini üç ana kategoriye ayırmıştır: içerik ve yapının varyasyonu, birden çok bakış açısının veya işaretleme setinin üst üste binmesi ve tek bir işaretleme perspektifi içindeki bireysel başlangıç ve bitiş etiketlerinin çakışması. Bu sorunlara yönelik çözümlerin değerlendirilmesinde okunabilirlik, araç desteği, XML uyumluluğu, doğrulama şemaları ve işleme kolaylığı gibi kriterler göz önünde bulundurulur.
Dijital metinlerin karmaşık, hiyerarşik olmayan yapılarını temsil etme zorluğu, modern işaretleme dillerinin ve dijital beşeri bilimlerin karşılaştığı temel bir problem olmaya devam ediyor.